建制前，寶安縣轄2鎮16公社，是為深圳鎮、沙頭角鎮及大鵬、葵涌、坪山、龍崗、坪地、橫崗、鹽田、布吉、平湖、龍華、觀瀾、福田、南頭、石岩、蛇口、西鄉、福永、沙井、松崗、公明、附城等公社，並管轄光明華僑畜牧場。
早期方案；寶安縣的撤銷與恢復
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1979年3月，深圳市決定成立羅湖[註 1]、龍崗、葵涌、龍華、南頭、松崗等6區，各區由中共區委代行行政職能。
羅湖區：轄深圳鎮、沙頭角鎮和附城、福田、鹽田等3公社。
龍崗區：轄龍崗、坪地、橫崗、平湖等4公社。
葵涌區：轄大鵬、葵沖、坪山等3公社。
龍華區：轄龍華、石岩、觀瀾、布吉等4公社。
南頭區：轄南頭、蛇口、西鄉等3公社。
松崗區：轄松崗、福永、沙井、公明等4公社。
1980年6月7日，中共深圳市委決定析羅湖區設立沙頭角區，仍只有中共組織（中共深圳市沙頭角管理區委員會），無政權組織。是年7月，正式分區。至此，深圳市轄羅湖、沙頭角、龍崗、葵涌、龍華、南頭、松崗等七區。
1981年7月，中共中央、國務院決議[12]：「……恢復寶安縣建制，轄原深圳市屬的農村，歸深圳特區領導」。10月，中共廣東省委決定[13]「……，同時決定恢復寶安縣」。11月，撤銷中共松崗、龍華、龍崗、葵沖四個區委。12月1日，寶安縣人民政府在原縣政府大院掛牌。1982年4月，深圳市人民政府決定，將寶安縣城移至西鄉鎮龍井山附近。
1981年8月，中共深圳市委決定[14]「羅湖區、南頭區、沙頭角區三個區合併，……成立羅湖區黨委及政府……。羅湖區黨委及政府為一級黨委和一級政權機構……」。翌年1月，正式成立羅湖區，撤銷沙頭角區、南頭區，併入羅湖區（行政區）。
至此，深圳市轄羅湖區、寶安縣。
1982年8月10日，升羅湖區沙頭角鎮為縣級鎮，區劃上仍隸屬羅湖區。
1982年12月，國務院（追認）批覆[15]同意恢復寶安縣，管轄原屬深圳市的大鵬、葵沖、坪山、龍崗、坪地、橫崗、 平湖、布吉、觀蘭、龍華、石岩、西鄉、沙井福永、松崗、公明等十六個公社和光明華僑畜牧場。縣人民政府駐西鄉。寶安縣由深圳市領導。恢復寶安縣後， 深圳市管轄市區內的人民路、和平路兩個街道辦事處， 以及沙頭角鎮和福田、附城、南頭、蛇口、鹽田等五個公社。1983年1月4日，廣東省人民政府發出《關於恢復寶安縣的通知》（粵府函 1983 1號）。
組建區辦事處、管理區
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1983年6月，經廣東省人民政府批准，深圳市人民政府決定[16]在經濟特區範圍內設置羅湖、上埗、南頭、沙頭角四個區辦事處，為深圳市人民政府派出的相當縣級的辦事機構：
羅湖區辦事處：管轄伯公坳以西至紅嶺路以東區域，包括羅湖新城區和人民路、和平路兩個街道辦事處，以及附城辦事處、深圳水庫。羅湖區辦事處駐湖貝。
上埗區辦事處：管轄紅嶺路以西至車公廟以東區域，包括上埗、福田兩個辦事處和農藝園研究中心所屬範圍。上埗區辦事處駐福田。
南頭區辦事處：管轄車公廟以西至蛇口工業區所屬範圍，包括蛇口、南頭兩個辦事處，沙河企業公司，蛇口招商局和西麗湖等區域。南頭區辦事處駐南頭。
沙頭角區辦事處：管轄伯公坳以東區域，管轄鹽田辦事處、沙頭角鎮和大、小梅沙。沙頭角區辦事處駐三家店。
是年9月15日，羅湖、上埗、南頭、沙頭角四個區辦事處掛牌辦公。至此，深圳市轄羅湖區、上埗區、南頭區、沙頭角區和寶安縣。
1983年7月1日，寶安縣遷址新縣城西鄉。
1984年7月，中共廣東省委、省政府同意[17]析南頭區設立蛇口區，組建蛇口區管理局，蛇口區管理局行使一級政權組織的職能。蛇口區的範圍「擴大到以大小南山分水嶺至正龍圍、後海連線以南地區為蛇口管轄區」。至此，深圳市轄羅湖區、上埗區、南頭區、沙頭角區、蛇口區和寶安縣。
1985年3月，深圳市人民政府批准[18]羅湖、上埗、南頭、沙頭角等區辦事處更名為深圳市人民政府某某管理區，是月10日啟用印信。此前，中共深圳市委已於1984年5月8日下達《印發深圳市區一級機構改革方案的通知》（1984-05-08），並於1984年12月26日完成組織任命，各區行政首長改稱區長。
正式設區：福田、羅湖、南山
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1990年1月，經國務院批准，民政部批覆[19]，同意深圳市設立福田區、羅湖區和南山區（均為縣級〕：
福田區：行政區域東起紅嶺路，西至車公廟，南臨深圳河，北到筆架山；管轄園嶺、南園、福田、沙頭、梅林、華富和香蜜湖街道辦事處；區人民政府駐深南中路。
羅湖區：行政區域東起大鵬灣背仔角，西至紅嶺路以東；管轄鹽田、梅沙、田心、筍崗、翠竹、桂園、黃貝、蛟湖、南湖街道辦事處和沙頭角鎮；區人民政府駐湖貝。
南山區：行政區域東起車公廟，西至南頭安樂村、赤尾村，北背羊台山，南臨蛇口港、大鏟島和伶仃島；管轄沙河、西麗、大新、南山、蛇口街道辦事處和蛇口招商局工業區；區人民政府駐南頭。
同年1月20日，廣東省人民政府轉發通知[20]；9月21日羅湖區政府成立，9月24日南山區政府成立，10月7日福田區政府成立。
至此，深圳市轄羅湖區、南山區、福田區和寶安縣。
寶安析龍崗、羅湖再設鹽田
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1992年8月，國務院批覆[21]同意「撤銷寶安縣建制，將其劃為深圳市的兩個區，具體手續由民政部按規定辦理」。11月，民政部批覆[22]同意撤銷寶安縣，設立深圳市寶安區、龍崗區：
寶安區轄新安、福水、沙井、松崗、公明、石岩、龍華、觀瀾八個鎮和光明華僑畜牧場，區人民政府駐新安鎮。
龍崗區轄布吉、平湖、橫崗、龍崗、坪地、坪山、坑梓、大鵬、南澳、葵涌十個鎮，區人民政府駐龍崗鎮。
同年12月8日，廣東省民政廳轉發批覆[23]。同日，中共深圳市委、深圳市人民政府發出通知[24]：「兩個新建區定於一九九三年一月一日正式宣告成立，掛牌辦公」。至此，深圳市轄羅湖區、南山區、福田區、寶安區、龍崗區。
1997年10月，國務院批覆[25]調整深圳市羅湖區行政區劃，設立鹽田區：
增設深圳市鹽田區：鹽田區轄從羅湖區劃入的沙頭角鎮和鹽田、梅沙2個街道，區人民政府駐鹽田街道黃必圍。
調整後的羅湖區轄南湖、黃貝、翠竹、蛟湖、筍崗、桂園6個街道，區人民政府駐地不變。
同年11月7日，廣東省人民政府轉發批覆[26]。1998年2月16日，鹽田區委、區政府成立，掛牌揭幕典禮於3月30日舉行。至此，深圳市轄羅湖區、南山區、福田區、寶安區、龍崗區、鹽田區。
二線關淡化、關外析設新區；建立深汕合作區
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2007年5月31日，中共深圳市委、市政府[27]宣布（寶安區幹部大會）：宣布成立光明新區，管理寶安區光明、公明兩個街道。8月19日，光明新區揭牌。至此，深圳市轄羅湖區、南山區、福田區、寶安區、龍崗區、鹽田區和光明新區。
2009年6月29日，中共深圳市委常務會議審議決定[28]設立坪山新區：原「深圳市大工業區（廣東深圳出口加工區）管理委員會」更名為「深圳市坪山新區管理委員會(簡稱『新區管委會』)」，加掛「廣東深圳出口加工區管理委員會」牌子，相應成立中共深圳市坪山新區工作委員會（簡稱「新區黨工委」）、中共深圳市坪山新區紀律檢查工作委員會（簡稱「新區紀工委」）。新區黨工委為市委的派出機構，與管委會合署辦公。新區管委會為市政府派出機構，管理坪山、坑梓兩個街道辦事處。30日，坪山新區揭牌。至此，深圳市轄羅湖區、南山區、福田區、寶安區、龍崗區、鹽田區和光明新區、坪山新區。
2010年2月，深圳市設立前海深港現代服務業合作區管理局（簡稱前海管理局），為深圳市人民政府派出機構。是年8月，國務院批覆《前海深港現代服務業合作區總體發展規劃》。前海深港現代服務業合作區範圍為月亮灣大道、雙界河、媽灣大道、海濱岸線所圍成的區域（1492公頃）。
2011年2月18日，深汕特別合作區建立。5月21日，合作區黨工委、管委會授牌成立。
2011年12月30日，深圳市人民政府五屆四十六次常務會議通過《深圳市龍華新區和大鵬新區管理暫行規定》：「市政府設立龍華新區、大鵬新區[29]（以下統稱新區）。龍華新區的範圍為現寶安區龍華、大浪、民治和觀瀾街道行政區域。大鵬新區的範圍為現龍崗區葵涌、大鵬和南澳街道行政區域」。「市政府分別設立龍華新區管理委員會、大鵬新區管理委員會，新區管委會是市政府的派出機構，行使市政府決定由區級政府行使的職責」。同日，深圳市龍華新區管理委員會、大鵬新區管理委員會揭牌。至此，深圳市轄羅湖區、南山區、福田區、寶安區、龍崗區、鹽田區和光明新區、坪山新區、龍華新區、大鵬新區。
新區轉正
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2016年9月，國務院批覆[30]同意廣東省設立深圳市龍華區和坪山區：
一、同意設立深圳市龍華區，將深圳市寶安區的龍華街道、大浪街道、民治街道、觀湖街道、福城街道、觀瀾街道劃歸龍華區管轄，以龍華街道、大浪街道、民治街道、觀湖街道、福城街道、觀瀾街道的行政區域為龍華區的行政區域，龍華區人民政府駐觀湖街道廣場沿河路1號。
二、同意設立深圳市坪山區，將深圳市龍崗區的坪山街道、坑梓街道劃歸坪山區管轄，以坪山街道、坑梓街道的行政區域為坪山區的行政區域，坪山區人民政府駐坪山街道深汕公路333號。[註 2]
2017年1月7日，龍華區人民政府、坪山區人民政府揭牌。
至此，深圳市轄羅湖區、南山區、福田區、寶安區、龍崗區、鹽田區、龍華區、坪山區和光明新區、大鵬新區。
2017年9月，廣東省批覆[32]將深汕特別合作區管委會由廣東省人民政府派出機構調整為深圳市人民政府派出機構。深汕特別合作區轄鵝埠鎮、小漠鎮、鮜門鎮、赤石鎮（含園墩林場）。
至此，深圳市轄羅湖區、南山區、福田區、寶安區、龍崗區、鹽田區、龍華區、坪山區和光明新區、大鵬新區、深汕特別合作區。
2018年2月，國務院批覆[33]同意廣東省設立深圳市光明區，將深圳市寶安區的光明街道、公明街道、新湖街道、鳳凰街道、玉塘街道、馬田街道劃歸光明區管轄，以光明街道、公明街道、新湖街道、鳳凰街道、玉塘街道、馬田街道的行政區域為光明區的行政區域，光明區人民政府駐光明街道廣場路1號。是年5月24日，廣東省人民政府轉發通知[34]。9月19日，光明區人民政府揭牌。
至此，深圳市轄9區1新區1特別合作區，是為羅湖區、福田區、南山區、鹽田區、寶安區、龍華區、龍崗區、坪山區、光明區及大鵬新區、深汕特別合作區。
現況
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羅湖區
福田區
南山區
寶安區
龍崗區
鹽田區
坪山區
龍華區
光明區
大鵬新區
（屬龍崗區）
各區名稱
建制日期
各區地名釋義[35]
羅湖區
1979年10月
起源歷史上的羅湖村，依據古越語推論，「羅湖」也是一座山名，不過山勢低矮，經濟特區開發時已被夷為平地。
福田區
1986年
南宋時當地一大戶因開墾造田收成好，將自家田地取名「幅田」，因「幅」與「福」諧音，「幅田」易名為「福田」，即「得福于田」。
南山區
1990年1月4日
因其境內的大、小南山得名，東晉時期的南頭曾是區域性的政治、經濟、文化中心。
鹽田區
1998年3月30日
源於當地的經濟活動，因古代大鵬人多在海邊開闢鹽田，靠煮鹽為生，鹽田逐漸成為地名。
龍崗區
1992年11月11日
得名於古代傳說，謂此處有龍和仙女，因龍「憐香惜玉」，為陪伴和保護仙女而變成山崗，「龍崗」一名形成。
龍華區
2011年12月31日建立新區2016年10月11日升格為市轄區
源於龍華墟，因早期移民建龍勝堂並於此建墟，取日漸繁華之意。
坪山區
2009年6月30日建立新區2016年10月11日升格為市轄區
源於坪山墟，其因地處河流沖積川地又有山在其間而得名。
大鵬新區
2011年12月31日
因其為明洪武二十六年（1394年）所設的大鵬守御千戶所之所在而得名。
寶安區
1992年11月11日
寶安意即「得寶而安」，明代識記曾記載「得其寶者安，凡以康民也」。
光明區
2007年5月31日建立新區2018年5月25日升格為市轄區
沿襲自光明華僑農場，取前途光明之意。
深汕合作區
2011年2月18日（初始合約至2040年）
由深圳和汕尾共同設立，全稱為「深圳市深汕特別合作區」，簡稱「深汕合作區」。[36]
